《心金·魂银》的故事设定于游戏世界的城都地方。玩家在游戏中的基本目标是通过培养神奇宝贝同其他训练家对战，进而成为城都和关都地方最出色的神奇宝贝训练家。

游戏附赠游戏设备神奇计步器，与神奇宝贝球相似，能够通过红外线信号连接任天堂 DS 卡带。