在 VVVVVV 中玩家控制的是船长 Viridian。

在游戏开始时，飞船受到了空间干涉的影响，因而船长必须携船员一同撤离。

船员们通过飞船的空间传送器进行撤离，然而却只有船长 Viridian 被传送了彼端。当船长返回飞船后，明白了飞船受到空间干涉的影响，而船员也被传送到了干涉的各处。扮演船长的玩家要救出迷失的船员，并找出空间干涉的起因。