这款游戏将会以 13 位主角的视角来讲述故事的发展。

《十三机兵》的故事背景设定在现代的日本，而在一场名为“那一天（that day）”的事件后绝望席卷了整个区域。然而，初生牛犊不怕虎，一位名叫“Juurou Anbu”的男孩站了出来并发起了反击。

在玩家玩游戏的过程中，游戏将会在 13 位主角之间相互切换。而在这些主角的眼里对于这场战争的看法也存在着冲突和不同，整个游戏的故事情节也会在它们彼此的认知相互碰撞中令玩家得以知晓整个故事的来龙去脉。