皇牌空战 2 的时间设定为 1998 年。

皇牌空战 2 是南梦宫的皇牌空战游戏系列的第 2 作，画面延续了街机风格，并纠正了前作的所有画质缺陷，同时加强了游戏剧情。皇牌空战画面上的仪表、地图和任务在该作中基本定型，随后的皇牌空战每一代都使用了该作类似的画面。

在 USEA 大陆东北的 North Point 编号为 NA-P2700 的军队发生了叛乱，他们攻占了政府中心，抓住了在政府中心举行会议的各国首脑，并策划袭击整个 USEA 大陆。由于联合部队已经分散在大陆各地，部队总部召集了前作中的雇佣兵的战术打击力量：Scarface 中队。玩家继续扮演 Scarface 中队的长机飞……显示全部行员 Scarface1，与 NA-P2700 对抗。

Scarface 中队首先抵挡了 USEA 叛军对大陆西南部 Twinkle 群岛的轰炸，击落了叛军的预警机中队，随后向大陆推进夺取了大陆西南海岸的各个重要港口，包括工业重地 Axel 港口城市。随后 Scarface 中队又占领了大陆东南部的 Scofield Plateau 兵器生产基地和东南部海域上的 Comona 岛航天中心。

随后 Scarface 中队向大陆内部挺进，Scarface1 先后夺取了 Chopinburg 森林、Waiapolo 山区的水力发电厂。
之后，Scarface 中队兵分两路，东部战线上拿下了 Rocky 群岛和 Petrol 海岸，西部战线中夺取了 White Valley 空军基地和北部的冰原地带。

随后的大战发生在 Edwards 海港城市，经过一夜的激战，Scarface 中队取得了 Edwards 海港城市的制空权。
最后在 Saint Ark 港湾城市（疑似为 North Point 的首都）摧毁了叛军的总司令部，解救了各国元首。

不过战争还没结束，Scarface1 在 Saint Ark 附近海域成功拦截了叛军的远程巡航导弹。最终在大陆东北端的 North Point 彻底消灭了叛军 NA-P2700，平息了叛乱。

战争结束后，由于连续的军事行动，联合部队中位于 USEA 大陆最西端的 Erusea 国的军事实力大大提高，打破了 USEA 大陆上的势力平衡，这也成为了 6 年后爆发的 USEA 大陆战争（即续作皇牌空战 4 的故事）的一大原因。