《无间特攻：第 40 天》延续前作无间特攻的剧情，在前作结束时两位主角里欧斯（Rios）撒冷（Salem）认为除去政治因素的箝制、能够做更多的好事。

因此，他们两人决定组织了自己的私人佣兵公司，并开始在世界各地自由接案执行任务，然而在一次前往某国执行的任务中，却意外卷入了一场精心筹画的叛乱之中。

比“911 恐怖攻击”更加残忍事由一位名叫“约拿”（Jonah）的神秘人物所策画，并且约拿还领导了一个“40 日先导组织”的恐怖组织进驻上海，这个组织是由一群精锐士兵组成的神秘军队。

在一夕之间强势进驻城市使得众人一时间无法反应，并以强大的飞弹攻击试图将整座城市给铲平，并在此地重建他……显示全部理想中的新帝国。