这是一部改编自曾在 20 世纪 90 年代掀起热潮的少女漫画及电视动画《美少女战士》的角色扮演游戏作品。

在未来的水晶东京，一小群不满现状的市民组成了名为 Oppositio Senshi 的反抗战士团队，他们认为水手守护者和银水晶是地球过去战斗的根源。与神秘女子阿普苏（Apsu）合作，他们企图扭曲时间，改变地球的命运。

在现代，水手守护者们在击败死亡使者后享受着和平。然而，城市中开始发生怪异现象。曾被击败的戴蒙、机器人和妖魔再次出现在城市各处。浦和凉的造访带来了一个神秘的信息：过去和未来正在被替代。怪异事件不断：火野的成长从婴儿迅速变为儿童，丽看到火焰中的幻象，接着四位内层水手守……显示全部护者和小兔神秘失踪。

水手月亮与天王星、海王星和土星集合，前往寻找失踪的水手守护者。她们被告知前往十番公立中学，营救被困在幻境中的水手水星、水手火星、水手木星和水手金星。在屋顶上，她们发现小兔被 Oppositio Senshi 的首领 Sin 囚禁。Sin 要求水手月亮交出银水晶，水手月亮同意，但月野兔（Tuxedo Mask）拒绝，Oppositio Senshi 发动毁灭性攻击，月野兔受伤，水手土星也被 Sin 的能量束击伤。

在将月野兔送回公寓疗伤后，守护者们遇到了不再受贝丽尔控制的四天王灵魂。每位内层守护者获得一个“阴”之石，引导她们找到相应的“阳”之石。当四块石头汇聚时，月野兔的水晶——玫瑰水晶的位置将显现；当五块石头集中，月野兔将被治愈。

四位内层守护者各自展开寻找阳之石的任务：水手水星前往瑞士，水手木星前往加拿大，水手火星前往西藏，水手金星前往土耳其。每位守护者都有对应的 Oppositio Senshi 追踪她们。水手月亮留在日本照顾月野兔，小兔则暗中寻找玫瑰水晶。

水手水星在瑞士遇到妖魔群惊吓坠崖，落入冰川下的凯尼斯镇。当地村民汉斯救助了她，并与水星一起照顾母亲康复，找到了佐伊斯的阳之石，并击败了她的对手 Nabu。Nabu 表示她加入 Oppositio Senshi 是因为未来的水手守护者未能用银水晶保护地球。

水手火星在西藏拉萨的寺庙遭妖魔袭击，其对手 Nergal 制造红宝石使其瘫痪。一名男子法瑞格（Faregg）救助她，但后来被俘。水手火星在寻找翡翠阳之石并救出法瑞格的过程中，与 Nergal 对决，得知她加入 Oppositio Senshi 是为了获得像水手守护者一样的力量。

水手木星在加拿大被乔治吸引到隐藏的梅迪亚斯村，她帮助乔治与恋人玛丽订婚并修复邻村关系，途中找到了尼弗赖特的阳之石并击败 Marduk。Marduk 表示她加入 Oppositio Senshi 是因为为银水晶牺牲了亿万人，她自愿加入。

水手金星在土耳其地下村落里受到村民热烈欢迎，她的对手 Ishtar 意外打翻圣像导致村民石化。水手金星前往附近女性村落 Sariel，找到了昆赛特的阳之石并与 Ishtar 对战，得知她们同时被招募。

小兔在日本前往梦幻学院寻找玫瑰水晶，但 Sin 利用心灵咒语引导她前往虚假地点。小兔与桃子遭遇攻击，安沙救她们，但桃子中毒。最终小兔被安沙送至森林，留在原地。

水手月亮前往梦幻学院寻找小兔，遇到汤美教授，发现火野的命运被改写成 9 号女主人。水手月亮击败 9 号女主人并复活火野，两人击败汤美教授，但无法改变其死亡的命运。找到天王星与海王星后，她们瞬移至小兔所在位置。

守护者们在森林中发现洞穴，被 DD 女孩袭击。贝丽尔使用洞穴能量变成超级贝丽尔，几乎无敌，但水手月亮与小月亮合力使用银水晶击败她。守护者找到了玫瑰水晶，但安沙背叛，将水晶交给 Sin。

回到东京，Oppositio Senshi 绑架小月的弟弟 Shingo 设陷阱。守护者与月野兔前往时空之门，Fiore 阻拦，月野兔留守，守护者进入水晶东京。守护者分队行动：一队救 Shingo，一队进入宫殿。她们击败 Oppositio Senshi，并用银水晶改写她们的人格，使其快乐。Sin 为保护安沙逃走。

守护者们击败女巫五人后进入宫殿，迫使 Anshar 失控后击败他，并用银水晶复活他。随后，她们追踪玫瑰花瓣找到 Apsu。Apsu 试图用力量诱使守护者屈服，水手月亮拒绝，守护者奋力反击。Apsu 被击败，Sin 强制吸收其力量，变成毁灭之神，但守护者最终战胜并消灭 Apsu。Sin 与 Anshar 和 Oppositio Senshi 重聚，离开时互相安慰，成为强大的团队和朋友。

故事结束时，守护者们返回日本，火野恢复婴儿状态，天王星与海王星离开，其他守护者各回家中。世界的命运恢复正常，守护者们准备迎接新的一天。