本作是以 1969 年手冢治虫的漫画原作改编，叙述古日本的室町时代中叶，经历了应任、文明等动乱之后，当权的足利幕府的威信大幅的动摇，是个君不君臣不臣的时代，一名武士醍醐景光，为了出人头地，而将尚未出生的儿子献祭给 48 个魔神。

一出生就缺少了身上 48 个部位的幼儿，被狠心的父亲抛入河中，后来被名为 寿光 的医生所救，替他制作了义眼、义肢等补足了身上所缺乏的部位，命名为百鬼丸，并抚养他长大。由于百鬼丸的特殊体质，使得他非常容易引来恶灵，将可能危害抚育他的寿光，体验到这点的百鬼丸，于是告别了寿光，出发寻找能让自己安身之处。

在某一天夜里，露宿山洞中的百鬼丸听到了神秘的声音，这声音告……显示全部诉他要 48 只妖怪，才能取回自己身体所缺损的部位，于是百鬼丸展开了他讨伐妖怪，夺回自己肉身的重生与复仇旅程。旅途中他与以盗窃维生的孤儿多罗罗（DoRoRo）相遇，由于多洛洛将百鬼丸当作是兄长一般的仰慕，故跟随着百鬼丸一同旅行。

游戏中玩家将扮演百鬼丸，与流浪的盗贼少年多罗罗一同冒险。百鬼丸虽然被取走身上的 48 个部位，但收养百鬼丸的寿光医生使用人造的义肢来弥补不足的部分，并在义肢之下隐藏有锋利的刀剑与威力强大的大炮，玩家要利用这些犀利的装备来打败 48 个妖怪，逐一收回被夺走的身躯。

游戏玩法类似《恶魔猎人》等动作游戏的玩法，玩家在游戏中所扮演的百鬼丸除了可以使用隐藏在脚中的火炮攻击之外，也可以使用其他各种武器如刀剑等与华丽的动作招式，与这些魑魅魍魉展开一连串的激战，尽情砍杀各式各样的魔物敌人。除了百鬼丸之外，玩家也可以操纵另一名主角多洛洛，由于两人在招式技法与特性等部分都有所出入，因此将可以带给玩家截然不同的游戏乐趣。