鲍勃·莫洛克是一名游戏设计师，他刚刚开发了一款新的科幻视频游戏，背景是外太空和外星人世界。在测试产品时，莫洛克莫名其妙地发现自己在游戏中的宇宙飞船里。一次超空间事故使他克隆了 30 次。每个克隆体离开时，都带走了一部分维持莫洛克生命的重要液体。假装成勇敢的血腥船长的角色，程序员追踪并瓦解了二十五个克隆体，为实现这一目标花费了 800 年。然而，仍有五个克隆体，隐藏在银河系深处的某个地方。布拉德船长必须找到这些克隆体，并在他失去自己的生命之前将其消灭。

《喋血舰长》是一款开放式的第一人称冒险游戏。游戏的大部分内容是前往各个星球，与那里的外星人交流，收集有关克隆人下落的线索。玩家指挥一艘名为……显示全部“方舟”的生物飞船，必须向行星表面发射探测器，成功地引导它们穿过地形，找到外星人。方舟号还可以扫描行星，有时还可以将外星人传送到不同的地方。

与外星人的对话是通过所谓的 UPCOM 界面进行的。有 150 多个图标可以代表不同的概念。由于每个外星人都说自己的语言，玩家必须输入各种图标的组合，以便能够理解外星人并与他们交流。成功地结束对话可能会提供线索或解锁其他星球。主角的健康状况会随着时间的推移而恶化，这影响了游戏的界面，使其更难控制。这些症状可以通过分解一个克隆体来恢复。