《命令与征服：泰伯利亚之日》以及其资料片《命令与征服：火线风暴》的续集。故事是发生在“第三次泰伯利亚战争”的时候，NOD 兄弟会以出其不意的攻势在世界各地展开对付全球防御组织（Global Defensive Initiative，GDI），这也代表结束了长达 17 年的寂静并在各地摧毁 GDI 的兵力。在 NOD 占据优势的时候，GDI 总司令为了挽救失去的希望，开始率领其军队并与 Nod 部队的第二次复归展开抗战。此游戏也将会为《命令与征服》系列的泰伯利亚系列追加第三个势力，并且是第二套《命令与征服》游戏系列里面可以让玩家自由升级其军队的作品。

《命令与征服 3：泰伯利亚之战》的故事……显示全部发生在 2047 年，也就是《命令与征服 火线风暴》剧情结束后的 16 年。全球防御组织（GDI）与 Nod 兄弟会之间的战争表面上平和了许多，泰伯利亚矿的扩散对于地球生态系统的破坏已达到危险的层级，这迫使 GDI 必须将地球依泰伯利亚扩散程度分为三区，地表上 30%的区域被划分为红色区域（Red Zone），此区域受到最严重的污染，已经无法支持人类的生存。50%的区域被列为黄色区域（Yellow Zone），黄区是被中度污染的区域，黄区同时也有拥有着全世界大多数的人口，数十年的战争使这些区域残破不堪，黄区是 Nod 兄弟会的藏匿处，并由此招募人民加入兄弟会。剩余的 20%被称为蓝色区域（Blue Zone），蓝区尚未受到泰伯利亚的污染，普遍被认为是人类生存的最后一丝希望，这块区域被全球防御组织所保卫著。

2047 年 3 月，位于太空的 GDI 费城太空站（G.D.S.S. Philadelphia），GDI 高层正开会决议将军事运作的费用转移至泰伯利亚矿的扑灭，突然一枚来自 Nod 的核弹击毁太空站，并开启第三次泰伯利亚战争。此时 Nod 兄弟会领头凯恩出现并宣称战争的开始，以致全球防御组织开始为保卫余下的 20%蓝区展开与兄弟会的抗战。在一次攻击兄弟会在萨拉热窝的总部（大神宫）时，代理执行长雷蒙德·鲍伊授权开动离子加农炮，向总部发动攻击。结果把神殿底下的液态泰伯利亚引爆，在东欧地区造成大量伤亡。同时也把躲在远至太阳系的海王星轨道附近的一小行星的外星生物——思金人（Scrin）唤醒，也并开始向地球发动攻击，并试图在地球上各个红区建造共 19 座的阈限之塔（一种超巨形的传送装置，建造完成后便无法被摧毁的）。