《小鳄闯天关 2》是一款平台游戏，讲述了可爱的鳄鱼主角鳄鱼小英雄在冒险中拯救他的毛茸茸朋友——哥布奥的故事。在这次冒险过程中，鳄鱼小英雄会收集宝石来购买有助于他任务的物品。

故事设定在《小鳄闯天关：哥布奥传说》几个月后，当坦汀尼策划巴伦丹特的回归时，一个发明家哥布奥目击了丹特的归来而被捕。

回到哥布奥谷地，在海滩上玩耍的鳄鱼小英雄发现了一封瓶中信。信中提到寄信人正在寻找他们的孩子。鳄鱼小英雄感到惊讶，并将这封信带给国王鲁福斯，他阅读后告诉鳄鱼小英雄需要去遥远的地方寻找其他哥布奥来帮助找到寄信的鳄鱼。

一大群哥布奥制作了一个跷跷板。鳄鱼小英雄站在一端，另一个哥布奥在另一端推动一块巨石将鳄鱼……显示全部小英雄推向远方的大陆，他的搜索之旅就此开始。