本作的故事发生在一座被憧憬的地方：“莱姆城”。这里是一个人类与精灵和睦生活，互相帮助的地方。

在本作中，莱姆城中会发生各种各样的事件。提姆与皮卡丘两人要合作揭开事件的真相。如果提姆一个人搞不定的话，可以和能与其他精灵对话的皮卡丘帮忙，来提示真相。