《松鼠大作战》的主要任务是玩家操作角色去拯救曼迪走失的小猫。玩家可以分别选择奇奇或蒂蒂其中角色来进入游戏，玩家将要穿过各种机关和机器狗组成的小关卡，最后在最终关卡打败肥猫。

某日，突击队接到消息。突击队的老邻居曼迪的小猫走失了，同时突击队居住的街区出现了很多可疑的机器狗。救援突击队随后兵分两路，队伍成员之一的阿洁前去找寻曼迪的小猫，其他成员则去调查机器狗。

可是，奇奇和蒂蒂很快就发现，机器狗和曼迪的小猫都是大反派肥猫的阴谋。肥猫的真正意图是借此机会绑架阿洁并让阿洁为自己制造武器。不过，阿洁在被囚禁的状态下硬是通过一台旧发报机与其他队员们取得了联系。在阿洁的指引下，奇奇和蒂蒂和突击队……显示全部的成员们顺利救出了阿洁，随后利用阿洁制造的火箭追击到了肥猫的老巢。在一通恶战之后，突击队顺利打败了肥猫。