《果冻博士与史莱姆先生》是一款线描式解谜游戏，讲述了一位科学家变身为一种能够将障碍变为通路、通路变为障碍的生物的故事。游戏的核心机制是变身为史莱姆先生，为每个解谜房间创造通往出口的路径，同时管理好他留下的史莱姆轨迹。

这款游戏是一次多人合作的成果：在制作过程中，不同开发者轮流接手，加入了意料之外的机制，最终形成了一系列极具挑战性的谜题。

果冻博士是一位服用未经许可药物的科学家，通过这些药物变身为史莱姆先生。在典型的 PuzzleScript 像素艺术风格的网格化实验室中，玩家可以找到药瓶，将角色互相转化。果冻博士无法穿越史莱姆，而史莱姆先生可以，同时他会在路径上留下史莱姆轨迹。他经……显示全部过的地方会清除已有的史莱姆，并在没有史莱姆的地方留下新的史莱姆。玩家需要想象如何为果冻博士开辟出一条通往出口的道路，同时避免在过程中形成死路。

游戏初期的目标是简单地将果冻博士引导至通往下一房间的绿色活板门。但随后，更多的条件被引入。当金币（科研资金！）出现时，果冻博士必须收集所有金币才能打开出口。接着是史莱姆扫描器，这些装置看起来像标有数字的方盒子。为了让果冻博士离开房间，每个盒子必须与适量的史莱姆方块对齐，将关卡转化为类似数独的非图形谜题。扫描器有时可以被推动，改变需要满足史莱姆条件的行和列。

这种独特的机制融合主要来源于游戏的创作方式。《果冻博士与史莱姆先生》实际上采用了“接龙创作”理念作为开发模式：37 位参与者组成了一支非传统的团队，每个人都在前任的基础上添加内容，再将游戏传递给下一个人。