本作描述的是一场规模宏大的战争，这场战争取源于《雷神之锤》游戏系列的正史，相当于《雷神之锤 2》和《雷神之锤 4》之间的序曲，我们甚至可以称它为《雷神之锤》外传。

本作的故事大约发生在 2060-2065 年之间，外星异形“Strogg”大规模入侵地球，给人类世界带来了骚动，地球精英部队组成全球防御力量（GDF）进行抵抗，一场势均力敌的对抗则演变成惊天动地的世纪大战。游戏中的关卡将取材于“Strogg”入侵战中的关键历史性战役，如 GDF 得到了“Strogg”的时空门技术，并对其进行反击。

尽管本作在内容上与《雷神之锤 4》有着很大的不同，但核心部分却还是一样的，例如目标驱使式的……显示全部进行方式，即玩家必须完成这个目标后方可进行下一个目标，而本作在此基础上强调了对区域的占领，这种玩法类似于《战地 2》，当你占领了某个区域，那个区域就相当于你的新基地，即使你被杀，也会在新基地里重生。所有区域都是互相连接的，因此必须按照顺序将其占领，而且只有完成指定的目标才能取得区域的控制权。