五右卫门和他的朋友们在这个侧滚动的续集《神秘忍者之五右卫门》中回归。看起来像五右卫门的朋友惠比寿的 Bismaru 打扮成了一个修女，他偷了一个新发明的鬼魂回归机！有了它，他就可以计划统治世界。有了它，他的计划不亚于统治世界。Ebisumaru 想用它来做的事就是见他的祖先 James Dean！帮助五右卫门和他的朋友们找回机器，并在路上消灭一些鬼魂。

《神秘忍者 2》恢复了 SNES 游戏的传统侧滚轴 2D 平台风格。然而，由于任天堂 64 的 3D 功能，在你穿越日本的过程中，你会遇到巨大的老板和详细的世界。为了攻击，你可以投掷硬币，或使用每个角色的特定武器，如五右卫门的标志性管道。……显示全部两个玩家也可以同时进行游戏，共同击败敌人，你甚至可以骑在你朋友的背上捎带。

还有一些城镇需要探索，在那里你可以与村民聊天，并探索各种商店和房屋，寻找信息和线索。穿着轮滑鞋的巨大歌唱机器人 Goemon Impact 也回来了，你可以从它的驾驶舱内以第一人称视角与敌人的机械人作战。