在原版《Gungrave》中发生的事件三年后，Corsione 家族向民众释放了致命的药物 SEED。现在要靠格雷夫、斯派克和米卡来追踪 SEED 的踪迹，找到它的源头，并一劳永逸地根除它。

巨大的高塔耸立在都市钢铁森林中央，阴暗的天空中落下雨滴，渐渐地雨滴化作飞雪，一切正是从这表面的宁静开始，最下层的公路上，一群武装齐备的大汉在追逐一位少女，少女踉跄的足迹后是洒落在雪中的斑斑血痕，这位少女随身携带着两把巨大的枪，她将传说中的"死神"Beyond the Grave 唤醒，而此时站在他们面前的是巨大的青色怪物，究竟神秘少女是什么身份，而那追逐而来的谜般组织又有什么目的？，所有谜团化作无数……显示全部弹丸，呼号着将面前的一切都破坏！