在前作中取胜之后，世间一片风平浪静，但却遭到了自称为“PROTOCOL 奥米茄”的足球队的袭击。他们来自 200 年后的未来，而他们的目的竟是为了从世界中消去足球。主角松风天马等人为了阻止他们而站到了从未来来的刺客的面前，并与谜之少年菲依等人一起穿越时空进行冒险。