最后的忍者现在拥有了卷轴，他开始新的忍者秩序进行训练。在一次训练中，他被神秘地传送到二十世纪的纽约。在这里，邪恶的幕府将军回来了！最后的忍者必须再一次用他自己的能力的信念来保护自己。

《最后的忍者 2：复仇归来》是一款动作/冒险游戏，玩家控制一名强大的忍者，必须在收集必要的物品的同时，与对手展开战斗。游戏分为不同的关卡，每个关卡都描述了一个不同的地点，并分为几个屏幕。游戏的视角是等距的，忍者可以在四个不同的维度上移动（他也可以向后走）和跳跃。

敌人用拳头和各种忍者武器武装起来，在关卡中游荡。忍者必须赤手空拳或用沿途发现的武器与他们战斗；在任何情况下，他都有一些打击和攻击的手段，并有……显示全部能力阻挡。有一种特殊的武器，即 shuriken，它是以直线方式投掷的，而不是用于近战；如果它们击中敌人，就会立即杀死或至少严重伤害他。

关卡中散布着一些物品，如钥匙、绳子、地图或汉堡包（吃了会恢复健康）。收集这些物品并在适当的地方使用它们是完成游戏的必要条件。