在这个游戏中，玩家控制着一个刚刚搬进俄勒冈州沿海地区的一个小屋的作家。小屋附近有一座灯塔，住着古怪的 Jeremiah Krick 博士和他的女儿 Amanda。有一天，主人公从窗户向外看去，发现灯塔被雷电击中了。克里克博士还在答录机上留下了一条不明确的信息，恳请主人公尽快前来。

到达灯塔后，主人公发现灯塔的居民被一个神秘的人绑架，并被传送到一个平行宇宙。必须探索这个陌生的新世界，解开其中的谜团，才能把克里克博士和他的女儿带回来……

《灯塔：黑暗的存在》是一款第一人称冒险游戏，其构思与《神秘岛》类似。地点以预先渲染的静态屏幕表示。与环境的互动是通过一个简单的单光标、点选界面进行的。……显示全部玩法也与《神秘岛》类似，本作的谜题以其难度而著称，并且是基于逻辑而非库存的，包括仔细观察、收集线索和操纵环境。