《迷失灵薄》讲述了本杰明·布里格斯（Benjamin Briggs）的故事，他是历史上著名的鬼船玛丽·赛勒斯特号的船长。游戏将布里格斯置入灵薄狱，在那里他必须帮助天命（Destiny）对抗命运（Fate）。

布里格斯船长被描绘成有昆虫恐惧症。在整个游戏中，他必须面对自己的恐惧，完成谜题来推进游戏。游戏中的人物知道玩家的存在（玩家被描述为“精神向导”），在最后的情节中，玩家将成为解谜的主角，而非布里格斯。布里格斯会不时向玩家抱怨他对周围环境的感受以及他被要求做的事情。如果玩家在一段时间内没有移动鼠标，布里格斯会敲击屏幕提醒玩家。