游戏故事的背景发生在暑假前夕，主人公亚可与伙伴们在整理图书时无意间发现了隐藏在地底的时钟座室，里面有着古老的时钟和一扇巨大的门，当亚可触碰时钟之际，时钟座室的封印突然被解开，而亚可一行人也陷入时空轮回中，重复经历同一天…

《小魔女学园 时空魔法与七大不可思议》将透过在学园内探索的文字冒险模式以及战斗时的横向卷轴动作模式来推展剧情，玩家必须解开月星魔法学校的七大不可思议神秘谜团，拿到开启时钟座室大门的钥匙，并组成三人小队，运用各角色擅长的动作或魔法来突破门后的关卡，才能跳脱不断重复循环着的一天。

除了亚可、萝蒂与苏西之外，游戏还将追加三个可操纵角色，分别是阿曼达、康丝坦兹以及亚丝米卡……显示全部。