从技术上讲，《魔法学园》是一个重制版，但它实际上是一个独立的故事。MSL 的特点是从上到下完全重新做了图形，几个新的角色，完整的动画序列和声音，以及如此多的故事情节变化，它实际上是一个不同的游戏。

与前作一样，故事发生在《露娜：银河之星》事件之前约 300 年。它讲述了艾莉（Ellie）、瑞娜（Lena）和塞尼亚，这三个女孩被招募到伊恩魔法学校，一个在海洋上移动的岛屿上的精英魔法学校。一路上，她们找到了朋友，如害羞的温（Wing）和过度自信的刀锋。

他们找到了对手，如 Ant、Rick 和 Kule 的顽皮三人组。他们还找到了敌人，如不祥的孟菲斯和巴鲁阿，以及被称为“D”的神秘城堡……显示全部。涉及寻找教授、拯救学校、击退卑鄙部落、拯救蓝龙和学习如何合作的情节，都构成了故事的一部分。