《机甲指挥官 2》是一款策略游戏。游戏除了继承一代的优点外，也引进了一些新的要素，比如游戏采用了全新的 3D 引擎，画面更加生动形象。

游戏每个任务开始时都会有一段短暂的全动态视频片断为玩家介绍当前战斗中参与派系的背景、以及当前任务的某些细节。下一个屏幕显示的地图将向玩家介绍基本的信息，例如目标的位置等，同时也提供了有价值的地形情报以便玩家为自己的驾驶员配备适当的战斗机甲和武器。

《机甲指挥官 2》没有任何直接的资源管理形式，但是支援选项相应的资源点是有限的，每次选择一种支援的时候都会消耗资源点。因此游戏中玩家往往必须决定召唤空中打击在安全距离外攻击敌人基地，还是在残酷的战斗后使用……显示全部修理车对战斗机甲进行修理。