《洛克人》系列的第二部掌机作品，让你操控洛克人和他的狗露西，在对抗八位被复活的机器人主脑（来自《洛克人 2》和《洛克人 3》）的同时，寻找博士威利的下落。博士威利已经前往未来盗取了一种能够对抗洛克人的武器。

尽管在《洛克人：威利博士的复仇》中被洛克人打得落花流水，但威利博士已经开始策划他的下一个阴谋了。如果他能拿到时间研究所研发的时间机器（在美国版手册中被称为 Time Skimmer），他就可能有能力改变过去。

在偷走时间机器后，威利原本打算立刻穿越时空旅行，但在发现时间机器存在严重缺陷时不得不暂时搁置计划。

与此同时，光博士被派往时间研究所调查。依靠露西的超嗅觉，他推断出这次盗窃事件……显示全部背后的黑手正是威利博士。为了应对可能发生的危险，光博士迅速联系了洛克人和露西，让他们去寻找威利博士的行踪。