接 X 系列第六作分支后续作品，途中有一段历史：ZERO 沉睡后 X 借玛萨精灵力量结束 Irregular 战争，精灵受到诅咒，ZERO 身体被盗改装成 OMEGA，拜鲁发动妖精战争，X 等人制造 ZERO 复制身体载入其真正灵魂，两位英雄共同结束妖精战争后拜鲁和 OMEGA 被放逐出宇宙，X 用身体封印黑暗精灵（即被诅咒的精灵），ZERO 再次封印自己——沉睡 100 年。Z 系列整体故事时间与 X 系列后期指令任务故事时间平行，同是 22XX 年。