经过上次影子摩西岛事件后，猎狐犬部队叛军中的成员--实际身份是三重间谍的 Revolver Ocelot（左轮山猫）将 Metal Gear 设计图纸传入黑市，一时之间，核武的威胁笼罩全球。

《合金装备》历来给人的感觉是电影与游戏的结合体。《合金装备 2:自由之子》就被充分体现了这一点。

本作中时刻体现着电影的元素，游戏开场那段 Snake(斯内克) 跳下纽约乔治·华盛顿大桥后站到油轮上的画面明显借鉴了电影《终结者 2》，游戏中 Snake 与俄国士兵 Olga(奥尔迦) 战斗时的慢镜头又与《黑客帝国》中的子弹如出一辙。

并且游戏的音乐也是请到曾为《勇闯夺命岛》、《断箭》、《……显示全部埃及王子》、《天国王朝》等好莱坞大片创作过音乐的著名音乐制作人 Harry Gregson-Williams(哈里·格雷森-威廉姆斯)，威廉姆斯在谈到促使其为一部游戏作曲的原因主要还被故事剧情深深打动。