冷战紧张缓解，世界和平的 1974 年。Snake 捨弃了 BIG BOSS 称号和国家，于南美哥伦比亚组建无国界军队。Snake 遇上了来自「没有军队的国家」哥斯达黎加的使者。掌握东西方权力平衡关键的中南美，以及奇迹地保持和平的哥斯达黎加，两地都似乎充斥着神秘武装集团的可疑活动。Snake 爲了解决事态率领独立军队作出行动，也意味着和自己的过去对峙。