本作的剧情从主角一行人遭遇船难受困海上小岛开始，一行人在小岛上遇见了一位神秘女子，她告诉主角：嗜血魔君“Beldonian Horde”正准备要入侵主角们的故乡，而主角们必须将这消息带回祖国，并想办法联合六大部落起而反抗。从这一刻起，主角们便负起救国的重责大任，不过，说服原本不合的六大部落本身就不是件容易的事，要打败魔君更是难上加难，更别提藏在这一切背后的更大阴谋了，如何让队伍成长并完成使命，就要靠玩家的头脑了。

《魔法门 9》与以往相比，种族数量略有减少，主角只能在人类、矮人、精灵和半兽人间选择（可能还会另附加选择“力量”或“魔法”的类型偏向）。技能和魔法还是一贯的种类繁多，不过听说魔……显示全部法系统将会有重大的变革。也就是说，主角分为 Might 系（包括 Paladins、Rangers、Crusaders 和 Mercenaries）和 Magic 系（包括 Mages、Druids、Liches 和 Priests）。大概是说魔法可能都将属于混合型，施法者必须掌握两种或两种以上的技能属性才可以顺利的施展 1 个魔法。