《人鱼的烙印》是一款战术角色扮演游戏，讲述了桂介·馆凛与中山瑞希的故事。他们是一对年轻恋人，在高中毕业旅行途中遭遇飞机失事，与少数乘客一同幸存，并仅受了轻伤，坠落到一座神秘的岛屿上。

这座岛屿并不存在于任何地图之中，且被一个古老的异教组织所统治。瑞希认为他们是被人绑架到了这里。

在岛上，他们发现了一名被绑在十字架上、即将被献祭的女子，并将她救下。然而就在这次遭遇中，瑞希被岛上的原住民掳走，幸存者们必须设法将她救回来。

游戏玩法采用经典的战术 RPG 形式。在每个任务中，玩家将操控若干单位，每个单位在每回合都有有限的移动范围，玩家可以在不同的物理攻击与魔法攻击之间进行选择，以击……显示全部败关卡中的所有敌人。游戏中一个相当独特的设定是，只有持有特定武器的角色才能对敌人造成有效伤害。

角色：

- 桂介·馆凛：故事的主人公，瑞希的青梅竹马
- 中山瑞希：故事的女主角，是一名运动员，被异教徒抓走并发生了转变
- 霍华德·卡特：医生，空难的幸存者之一

游戏拥有多个结局，剧情将根据玩家在游戏过程中的选择而发生变化。