《口袋妖怪 不可思议的迷宫》分为 NDS 版的《青之救援队》与 GBA 版的《赤之救援队》。

游戏中，主人公回答最初的问题将决定的妖怪种类，同伴将从 10 只妖怪中选出，这些在《青之救援队》和《红之救援队》两个版本中是相同的。

游戏中将有 380 种以上的妖怪登场，还将有传说中的妖怪登场。

NDS 版的《青之救援队》有着通信要素，可以从其他的救援队手中获得道具，也可获得只能通过通信才能得到的珍惜道具。还可以与《口袋妖怪方块》进行通信。