《口袋妖怪 蓝宝石》是口袋妖怪系列的 Game Boy Advance 游戏。游戏玩法和操作方式与前作基本相同，玩家以鸟瞰的视角操作主角，以打败四大天王目标并搜集完成神奇宝贝图鉴。本作新增元素包括双打对战、神奇宝贝特性以及 135 只新神奇宝贝。由于 GBA 功能较以前的主机有所增强，因此可提供 4 位玩家联机对打。

本作最重要的对战模式改变即是增加了双打对战，即两方都使用两只宝可梦参加战斗，某些招式可以同时影响敌人的两只宝可梦。另外“特性”与“个性”也是本作引入的重要元素，每种宝可梦都有一至两种特性，特性会对战斗产生影响，可能是提升己方的能力、弱化敌方的能力或改变天气等其他要素，发动时……显示全部机也有所不同，例如特性“威吓”的效果为宝可梦出场时敌方宝可梦的攻击降低一个阶段，特性“新绿”则可在宝可梦的血量少于三分之一时提升草系招式的威力。个性也会影响宝可梦的强度，但其影响的宝可梦本身的素质，而非在战斗时提供额外效果 [9]。每只宝可梦都具有一种个性（全部有 25 种），个性会影响各项能力的提升，对各项能力值得计算起加权作用。“仪态”是另一项本作新增的元素，在华丽大赛中扮演重要角色，华丽大赛是游戏中的小游戏，宝可梦会在其中使用某些招式并由评审评分，每只宝可梦与每个招式都具有仪态，宝可梦的仪态可透过使用“方块糖”来提升，方块糖则是透过树果制成。

和前作《口袋妖怪 金·银·水晶》一样，《口袋妖怪 红宝石·蓝宝石》会根据真实时间调整游戏中的时间，并影响潮汐涨退、树果生长等活动，但与其不同的是《红宝石》与《蓝宝石》版没有区分日夜，时间也不会影响出现宝可梦的种类。而由于 GB 与 GBA 的连接线不同，《口袋妖怪 红宝石·蓝宝石》不能与以前的作品联机对战或交换（但可与其后的 GBA 作品《精灵宝可梦 火红·叶绿》联机）。