《雷顿教授 VS 逆转裁判》是 LEVEL-5 与 CAPCOM 共同制作的新计划，结合《雷顿教授》与《逆转裁判》两大畅销系列作题材，由《逆转裁判》系列之父巧舟担任编剧，雷顿与成步堂两大推理奇才将于异世界展开梦幻争锋。

当雷顿和成步堂一行打开一位名为“玛荷奈”的少女遗留下来的书之时，异世界的大门打开了。不知何时已经乘上马车的雷顿所到达的是书里描述已变为现实的小镇“迷宫城”。在这里雷顿获得了小镇上人们的绝大支持，募集了被称为讲述者的男人的行进。

另一方面，成步堂失去了身为律师的记忆，在玛荷奈居住的店铺里干起来面包师傅的营生。但是突然，玛荷奈被当做魔女抓了起来。成步堂应玛荷奈的请求而站……显示全部到了法庭上……