《魔法公主大作战》游戏是一款动作类游戏。《魔法公主大作战》游戏的画面风格为日式 Q 版，视觉俯视，行动路径大多数都为 45 度斜角，主角是一个拿魔杖的可爱小女孩。

和平的奇迹世界，一个由乌拉拉女王统治的王国，突然被“废品帝国”的入侵所撕裂，这是一个机器的王国。

废品帝国的领导人将奇迹世界的所有公民变成了动物。由于毫无防备，女王被绑架了。

在被绑架之前，女王委托格雷找到她的小姐妹并照顾好“奇迹宝石”，这颗宝石对奇迹世界的存在至关重要。