一个神秘的外星种族拜多与人类开战，在拜多领地连续失去一波又一波的敌机后，地球派出一名指挥官率领小型舰队深入拜多帝国核心以结束战争。

《异形战机指挥官》是一款横向卷轴射击系列《异形战机》的回合制战略重制版。本版本仍保留横向卷轴视角，但使用六边形格子进行移动。玩家可使用超过 100 种单位，并解锁多种武器对抗敌方舰船。每次任务结束后，可购买升级、武器和舰船，用于后续任务。

玩家现在可以选择攻击的格子，以及想要使用的舰船和武器。在每个关卡结束时，玩家将利用手中所有的舰船和武器进行巨型 Boss 战。玩家不仅可以操控地球军队，还可以选择拜多军队进攻地球。同时，游戏支持使用临时网络进行在线对……显示全部战，人类玩家可进行一对一战斗。