《红色派系：末日审判》发生在《红色派系：游击队》事件之后的 50 年，同样设定在火星上。玩家扮演达里厄斯·梅森（Darius Mason），一个心地善良，只希望为自己的人民谋福利的人。不幸的是，不仅仅是因为他的过失导致一个恐怖分子摧毁了为该星球提供友好氛围的机器，使人类不得不撤退到地下，他还错误地释放了一支敌对的外星种族。由于幸存的人类对他的成就并不满意，现在是时候走出地道，把事情做对了！

与前作相比，这款游戏有一个重大改变，就是取消了开放世界。《末日审判》是一款线性第三人称射击游戏。游戏的大部分内容就是这样：穿过关卡，用传统和科幻武器消灭外星敌人或人类异教徒。有时会有 Boss 战和载……显示全部具关卡，例如在机甲内部。在关卡中可以找到有价值的废料碎片，可以用来交换角色或武器升级。从前作延续下来的是可破坏的地形，也可以用于消灭敌人。当然，这意味着达里厄斯可以摧毁通往出口的道路 - 但幸运的是，他有一个方便的装置，可以让他修复环境。

除了战役模式，还有两种额外的游戏模式。破坏模式的目标是在有限的时间内尽可能获得更多的积分。通过摧毁环境来获得积分。第二种模式是设计用于多达四名玩家的合作游戏，基本上是对抗敌人的波次。