加入了能自选剧本系统，收录的剧本也由前作的只有初代《高达》至《V 高达》增加到《高达 X》（上集收录的《G》、《W》、《X》不对应玩家进度），而且更收绿了 DC 所推出的另一个《一年战争外传》（之前一直只收录《苍蓝命运》）、《W》的《无尽的华尔兹》、《G-Unit》等等。

本作加入了两个新系统：

改造

即机体改造系统，令机体在升至 ACE 级后在开发外的另一强化方式，但在改造过后的机体无法再开发，等级会换成改 1-99。

黑历史 code

对应《G 世代》卡牌上的密码，只要有足够的科技（炮台），便可以使用卡片上的密码生产未登陆生产列表的机体，更包括该作最强的万能 ……显示全部key 机（能与 99%机体设计其成其他 99%机体）“凤凰高达”。

而在收录机体方面，除了由《初代》至《X》，包括前几作未有登场过的“爆烈空中霸王高达”等机体外，更收录了隐藏关卡∀中的接近全部机体，包括未能在隐藏关卡登场的“TURN-X”等。另外可以利用前作光碟放映前作的战斗电影。收录部分“SD 高达”系列游戏旧作的原创机体，如“旋风高达”、“骰子高达”等……

光碟数是前作的 2 倍（前作 ZERO 2 片光碟），但 4 片中其中一片是对应 WS 版的光碟。