《秘密档案》一款是传统的点对点的冒险游戏，游戏中的尼娜虽然是主角，但尼娜的父亲确实贯穿整个游戏剧情的关键人物，他的重要性将与神秘的通古斯爆炸事件及其背后的阴谋息息相关。

玩家在游戏中扮演的是一名叫做尼娜·卡连科 (Nina Kalenkow) 的女机械技师，他的父亲在神秘的爆炸中失去了踪迹，为了找寻父亲的下落，尼娜决定亲自前往通古斯地区展开极度危险的探险，在调查的过程中，尼娜卷入了一个阴谋的旋涡，并最终揭开整个阴谋背后的事件真相。