《真女神转生 2》故事描述曾经被称为东京的大都市 TOKYO Millenium，如今由倡导救世主即将降临的 Messiah 教徒所统治，并建立成一个原本应该是无差别的共同体社会，但现在却存在著阶级》制度的社会体制。在 TOKYO Millenium 中，分别由担任管理机构的“中央 Center”、拥有警察权的中央直属菁英“圣堂骑士（Temple Knight）”、允许进入中央的一级市民以及允许持有手腕型携带电脑（Arm Terminal）的二级市民、还有每天日复一日过著平凡生活的一般市民等 5 种阶级组成。

而在 TOKYO Millenium 中最为繁荣的英灵殿地区（Valhalla……显示全部 Area）中，每天都反覆聚集著一批赌命战斗希望能升级成为一级市民的人们。在这之中，突然出现了一名强悍的战士 Hawk。Hawk 虽然拥有令人震惊的坚强实力，但却没有人知道他的出身来历与背景身份，就连他自己也不知自己究竟来自何方……而随著 Hawk 的出现，故事的巨大齿轮也开始转动，带领玩家进入一场魔幻的冒险传奇。