《SNK 对卡普空：千年之战》共包括 28 位来自 SNK 和卡普空的角色，其中有 8 位是隐藏角色。游戏选项包括 2 人附属队伍和 3 人队伍以及一对一模式。玩家可以选择卡普空式的级别评价标准，或 SNK 式的分数评价标准，或者选择“中间式”的增强大招模式。