在《宇宙传奇 3：佩斯突隆海盗》中，玩家将继续跟随罗杰·威尔科这位不寻常的英雄兼星际垃圾工展开搞笑的太空冒险。这一集中，玩家必须揭开“来自安德罗梅达的两个家伙”失踪背后的谜团，这两位是虚构的《宇宙传奇》系列创作者。作为罗杰，玩家将在一个充满讽刺意味的科幻世界中穿梭，对抗恶名昭著的佩斯突隆海盗和其他可能的嫌疑人，包括狂热粉丝和前反派斯拉奇·沃豪尔复仇心切的手下。

凭借其点选冒险游戏玩法、当时领先的图形技术和招牌幽默，《宇宙传奇 3》挑战玩家拯救被绑架的游戏设计师，并挫败另一起银河威胁，同时以一种自嘲而滑稽的方式对冒险游戏类型和科幻陈词滥调进行解构。

罗杰·威尔科从《宇宙传奇 2》的逃生舱在太……显示全部空中漂浮，直到被一艘自动垃圾运输船捡起。发现一艘废弃飞船在货船上，罗杰着手修复铝鸭号并离开这艘船。

罗杰访问了多个地点，包括名为巨石汉堡的快餐店和沙漠行星费布尔赫特。在那里，他遇到了麻烦，因为终结者阿诺德（一个类似阿诺·施瓦辛格的机器人士兵）正在追捕罗杰，原因是他在《宇宙传奇 2》中未支付一只哨子的费用（这是剧情上的错误，因为当时订购表单上明确写明哨子是免费赠送）。从那里和巨石汉堡获得的信息，罗杰最终发现了由“佩斯突隆海盗”经营的游戏公司 ScumSoft 的邪恶活动。

佩斯突隆，奥尔特加火山行星的一个小卫星，覆盖着柔软的苔藓状植被，并布满了扭曲树状生长物。ScumSoft 公司首席执行官埃尔莫·帕格绑架了“来自安德罗梅达的两个家伙”，强迫他们设计糟糕的游戏。

罗杰设法潜入看似坚不可摧的 ScumSoft 建筑中解救了两名程序员。被发现后，他必须与帕格在一款结合巨型机甲战斗和摔跤机器人的游戏中进行对决。获胜后，罗杰和那两位设计师逃走。游戏结束时，罗杰将两名游戏设计师送到了地球上的 Sierra On-Line 总裁肯·威廉斯手中。