自从《星际控制 2》中的事件发生后，Ur-Quan 已经被平定，勇敢地摧毁了 Sa-Matra 的船长对未来有了一个可怕的设想。突然间，在没有警告的情况下，宇宙中所有的超空间旅行都停止了。

顶尖的科学家们已经确定了这一干扰的原因，就在被称为凯萨里象限的某个未开发的空间。匆匆忙忙地组建了一支船队，以及一个未经测试的 Precusor 星际驱动器……一个松散的外星种族联盟被称为有生命的种族联盟，向凯萨里象限派出了一支特遣部队。你是它的指挥官。

《星际控制 3》有一个新的 3D 星图，新的外星种族有待发现，新的世界有待探索和殖民，新的文物有待研究，还有一个新的等距超近战系统用于星际飞船……显示全部之间的战斗。