《星之海洋 3：直到时间的尽头》的故事发生在前作之后的 400 年，由于 12 位英雄同心协力阻止邪恶十祭司的野心使得世界免于崩溃。

400 年后人类已经可以在宇宙中自由来往。玩家扮演的就是少年菲特，他的任务就是前往惑星“哈伊坦”进行纹章遗传学的调查，而该作的故事也由此展开。