《星际争霸Ⅱ：虚空之遗》围绕游戏《星际争霸Ⅱ》第二个资料片《虫群之心》及第一个资料片《星际争霸 2：自由之翼》的故事进行发展，并且成为了《星际争霸》三部曲的终章。

在游戏剧情中，星灵主角阿塔尼斯和泽拉图试图将族人团结一致，共同对抗来自虚空中威胁着整个宇宙的远古邪恶力量。

人类英雄吉姆·雷诺和刀锋女王凯瑞甘的命运也仍然悬而未决。神族的战役将会环绕神族内部部落的纷争展开。玩家将会与不同的部落合作，以此建立联盟并进行下一部分的剧情，同时其他的部落也可能会变为敌人。玩家最终的目标是集合所有的部落，组成一个强大的力量以保证星灵的存活。