《幻想水浒传 IV》以“纹章”为主题，游戏的世界以被大海所包围的群岛诸国所构成，“纹章”象征整个世界的各种力量泉源，在这个世界上共有 27 个“真之纹章”，但遭到破坏，碎片散布在世界各地，偶然得到“罚之纹章”的主角，在纹章的引领下，开始一连串的冒险之旅。

而一般的战斗中，和普通的 RPG 回合制战斗没有多大区别，只是在细节上有自己的特色罢了。游戏恢复 I、II 代可随人员增加而升级的系统。装备物品可根据材质的不同被冠以不同的前缀，药品可以不用装备，自由使用。战斗队伍也回归到 I、II 代的“围攻”方式，但由传统的 6 人 3 指令改为了机动性更强的 4 人 4 指令系统，可以发生多人几乎……显示全部同时攻击的现象。游戏在战略性上的强化令玩家对庞大的角色群的培养显得轻松了些许。不像三代有前后卫之分，且增加了“全员”等攻击方式。但每当选好下一轮的行动后都需要得到确认，显得有些繁琐。且战斗的动作也稍显僵硬了些许。当获得足够的经验值升级时，能自动补满体力。全力，必杀，普通攻击等战斗和纹章魔法依旧还是继承了系列的传统。

幻想水浒传系列向来以仲间人物群庞大而着称，同伴多意味着团结就是力量的“协力技”往往比单打独斗来得更有效率，这也是系列一直保留下来的传统和标志性系统了，协力攻击可以随使用频率增长好感度且增加攻击力。随着游戏流程的进展，同伴的数目会呈直线上升，他们之间的感情互动所产生的人际关系也让可以组合的协力技会逐渐增加（这也是 FANS 们乐于收集 108 星的动力之一了）。游戏中的踩雷（遇敌）的频率相当高，真可谓是“满路荆棘”，用“战斗还刚平息，敌人又来侵袭”来形容是再恰当不过了。城市地图内的遇敌还能应付得来，但海上的战斗则有些疲于奔命，对那些喜欢“以战养战”来缩短升级时间的玩家是再合适不过了。