《霍博肯超级英雄联盟》是一个冒险和角色扮演的混合游戏，设定在美国东北部的末世荒地。有毒的污染和战争使美国沦为无政府状态，除了偶尔出现的城邦。几乎整个地区都被水覆盖，危险的变种人在荒地上游荡。玩家将扮演 Crimson Tape 的角色，他是霍博肯超级英雄联盟的新领导人，被赋予了创造组织结构图的惊人力量。最初的团队还包括热带油人（能够提高对手的胆固醇水平），Robomop（一种智能厨房设备，能够清理几乎所有的混乱），铁肚子（能够吃辣而不感到痛苦），兴奋队长（其 "昏昏欲睡的光环 "能够使许多对手立即入睡），以及意大利香肠小姐（能够看到比萨饼盒的内部，甚至没有打开）。

游戏的目标是完成专员分……显示全部配的任务，并通过联盟的电脑 Matilda 转达。逐渐地，玩家将提高霍博肯联盟的排名，并最终能够对付邪恶的 Entropy 博士，他正试图阻挠文明的重生。随着联盟的排名和声望的增长，新的超级英雄会加入进来，他们拥有异国的名字和超能力，使生活变得更加轻松。

游戏玩法分为冒险和角色扮演部分。冒险游戏的玩法体现在游戏的整体结构上：为了完成任务，玩家必须前往不同的地点，与非游戏角色交谈，并解决以库存为主的难题。游戏中冒险部分的界面与《死亡之门》等其他晚期传奇娱乐作品类似：地点以第一人称视角屏幕呈现，玩家选择动词命令与环境互动。这些地点通常还包含商店，玩家可以在那里购买武器、装备和物品来装备英雄们。

对包含所有个别地点的游戏世界的探索是以角色扮演的方式进行的。玩家在自上而下的世界屏幕上为英雄们导航，逐渐探索更大的区域并进入新的地点。在探索过程中，敌人会随机地攻击玩家。战斗是以第一人称视角进行的，是回合制的。英雄们有一系列的属性（体力、脑力、韧性和健康）和许多装备插槽，以及他们的超能力，这些超能力可以在战斗中使用，与普通攻击一样。英雄的队伍最多可以包括九个活跃的战斗人员。经验值在战斗胜利后被收集起来，最终使可玩角色的等级提高。

玩家还可以通过充分探索区域以及消灭特定区域的所有敌人来获得经验（经过一系列的随机遭遇，敌人最终会停止攻击）。通常情况下，必须获得特定的物品才能穿越某些地形类型（如深水）或获得连接不同区域的地铁线路。文字评论不仅出现在冒险部分，也出现在战斗中，幽默地描述了战斗过程。该游戏的 CD 版包括语音表演。