在《隔绝：内部的敌人》中，玩家将控制一个外星的探险家。在他们登陆调查后，遭到了攻击，玩家在那里被冻结，他们的伙伴被绑架。被解冻后，玩家控制一台机械人，开始营救他们的伙伴，并摧毁外星威胁。

游戏的基本玩法是玩家在 8 个不同的世界中探索，在 3D 环境中共有 100 多个不同的阶段。玩家在关卡中探索，收集新的武器和电源，以打击散布在关卡中的 20 个不同的敌人。在每个关卡的最后，玩家必须击退一个敌人的 Boss，然后在游戏结束时与最后的 Boss 战斗。