在广袤大地铺展的海拉鲁王国，铁路网络发达，驾驶火车的司机在王国中承担着重要职责。某日，居住在王国莫约里村的见习司机少年林克，为接受正式司机任命前往海拉鲁城。城内举行着仪式，林克从王国公主塞尔达手中接过任命书时，公主悄悄递来一封信。仪式结束后打开信件，只见上面写着“请来公主寝宫”。

当林克依信赴约时，塞尔达公主已在等候。她告知王国各地正发生铁轨消失的诡异现象，请求林克护送自己前往掌管海拉鲁大地智慧的“神之塔”探查真相。两人乘上火车启程。然而途中，王国大臣基马洛基突然现身阻拦去路。基马洛基暴露自身魔物真身，向塞尔达公主释放魔力。被光弹击中的公主身体与灵魂分离，基马洛基夺走失去灵魂的躯壳后逃离……显示全部现场。

化作游魂的塞尔达公主从此隐于世人视线之外。唯独林克能看见她的身影。得知林克能感知自己存在的塞尔达公主，便与他一同重返神之塔，在那里遇见了贤者沙林。沙林揭示：神之塔封印着远古魔王的灵魂，封印力量源自连接塔体的各地铁轨输送的能量。他推测，企图复活魔王之人为解除封印而消除了轨道，并夺取了海拉鲁王族之躯作为魔王灵魂的容器。沙林将传说中古代神明使用的“神之列车”托付给即将启程的林克一行。林克与塞尔达公主乘上神之列车，为守护王国和平与夺回塞尔达公主的躯体踏上了征途。