作为幽浮指挥官，你的任务是抗击外星侵略并揭露它们的致命意图。但要小心！外星人已经渗透进城市及其政治体系中，可能让你遭到犯罪团伙、宗教团体甚至警方的攻击！外星舰队布满天空，怪物在城市中肆虐，混乱无处不在……欢迎来到战争，欢迎来到启示录。

第二个幽浮战役结束后半个世纪，T'leth 的最后一战严重破坏了地球的生物圈。因此，提出建造几个自给自足的城市以供人类居住。游戏讲述的是第一个这样的城市——Mega-Primus，它建在加拿大多伦多的废墟之上。与此同时，在火星上的殖民地被 Elerium 矿产公司 Solmine 开采，并受到 MarSec（MARs SECurity）的压迫。

游戏中外……显示全部星威胁由一种新的有机、超维度生物构成，它们最初似乎与前两部游戏中的外星人无关，但后来的任务揭示了它们实际上奴役了 Sectoid 幸存者。这些新外星生物通过四面体形状的传送门攻击城市。玩家必须找到如何将他们的飞机和幽浮特工安全传送到这些门的另一侧，并把战争带到外星人的领地。启示录中有 14 种不同的外星种族，包括 Anthropods、Brainsuckers、Hyperworms、Megaspawns 和 Micronoids 等。每个种族都有其各自的优缺点，有些种族还依赖其他种族。“外星生物周期”在游戏中的作用至关重要。

玩家通过研究以及在采集标本战斗中遭遇低级形态的攻击而接触到“外星生物周期”。尤其是 Brain-Sucker 武器化生物，在由外星步兵使用的发射舱内着陆后，会攻击个体。Brain-Sucker 孵化出来之后会跳到最近的人头上，并似乎通过嘴巴注入某种物质并立即死亡。

后来，这个生命周期变得神秘莫测，因为低级形态与高级形态之间没有明显联系。不过最终发现，入侵的领导人是 Micronoids——一种生活在其他外星生物血液中的单细胞智慧种族；它们的目标是将自己注入关键人物的血液中，通过心灵控制掌控 Mega-Primus。玩家的任务是入侵外星人的家园并摧毁传送门的另一侧，这是阻止 Micronoid 侵扰的唯一方法。