内容延续一代，并形成一个完整的故事。主角何然其实就是一代的燕赤霞，在壶中仙的帮助下斩妖除魔，却逐渐发现身陷于陷阱。这款作品奠定了轩辕剑系列的基础，此后的历代游戏架构大致与此作接近。

故事是接续一代的，不过角色总算是有了自己的名字。主角改成了何然，两个同伴从宁采臣和小倩改成了杨坤硕和江如红。不久还有一位古月圣加入。何然一行人乘船过江，到处去消灭妖魔。在船上他们的个性也开始体现出来，像是江如红的率真活泼。在整个旅程中发生了很多有趣的事情。到达大禹地下水道、建木等地，甚至到了广寒宫的外围。碰到很多神话传说中的怪物，像是巴蛇、蛟龟等。重要的是，他们碰到了壶中仙，得到了炼妖壶。最后还得到了轩辕剑。……显示全部开始的时候为了连贯，还是说成要找妖魔的首领“恶神”算账。但十多年前的故事已经不是说善恶神联手消灭人类抗魔军，而是说轩辕剑侠跟善恶两神同归于尽，人类开始到处铲除妖魔。于是原本守护炼妖壶的巴蛇出来带领妖魔反击。“恶神”被勉强地说成就是巴蛇。