《源毒》的故事非常庞大，由于在银河系中发现外星人遗留下来的奇异装置，经过修理，部分装置被人改制成先进的武器，还有部分由于不知道其使用方法而搁在一边，之后又过了一百年，在一次星际飞行中，驾驶飞船的飞行员无意中闯入了外星人留下的特殊装置中，并发生了奇异的星际之间的“瞬移”，从而得知了这个装置可以用了传送人或物体到银河系任何一个地方，也因此这个装置成为了银河系中文明和贸易的重要组成部分。

游戏主角 Sylvester Boots 开始只是为了找寻工作，但在发生了一系列事件后，发现有人想要毁灭整个宇宙，从而他开始了探险旅程。在旅程中还有很多人物会加入，其中有他自己的侍从机器人，一个雇佣兵，一个私……显示全部人秘书，一个背叛组织的科学家等。这群人是唯一相信这件事和唯一能够阻止这件事发生的人。玩家的最终任务目标就是找到一切事件原因并解决他。